Sejarah berdirinya Fakultas Sains dan Teknologi Universitas Islam Negeri (UIN) Maulana Malik Ibrahim Malang diawali dengan terbitnya Surat Keputusan Direktur Jenderal Pembinaan Kelembagaan Islam Departemen Agama Nomor: KEP/E/57/80 pada tanggal 3 Juli 1980 tentang pembukaan Jurusan Tadris Matematika dan Bahasa Inggris di Fakultas Tarbiyah Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Sunan Ampel di Malang. Tujuan pembukaan jurusan ini adalah untuk memenuhi kebutuhan guru di Madrasah Tsanawiyah (M.Ts) dan Madrasah Aliyah (MA) pada bidang studi umum khususnya bidang studi Matematika dan Bahasa Inggris. Jurusan Tadris ini diharapkan menghasilkan Sarjana Agama dalam bidang Tarbiyah Islamiyah yang berkewenangan mengajar pada Madrasah Tsanawiyah dan Aliyah dalam bidang studi Matematika dan Bahasa Inggris. Namun demikian, pada tahun 1989 kedua jurusan ini tidak lagi menerima mahasiswa baru karena kebutuhan pengajar Matematika dan Bahasa Inggris di lingkungan Departemen Agama (Depag) waktu itu dianggap telah terpenuhi.

Pada tahun 1997 Departemen Agama melakukan perubahan kelembagaan dengan mengubah fakultas-fakultas cabang di lingkungan IAIN di seluruh Indonesia menjadi Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) berdasarkan Surat Keputusan Presiden Republik Indonesia Nomor 11 tanggal 21 Maret 1997. Pada saat itu pula Fakultas Tarbiyah Malang yang merupakan cabang dari IAIN Sunan Ampel Surabaya berubah statusnya menjadi STAIN Malang. Seiring dengan perubahan tersebut maka dibuka kembali program studi Tadris Matematika dan IPA (Biologi) di Jurusan Tarbiyah pada tahun 1997 berdasarkan Surat Keputusan Menteri Agama Nomor 296 tanggal 30 Juni 1997 dan Surat Keputusan Dirjen Pembinaan Kelembagaan Agama Islam No.: E/136/1997 tanggal 30 Juni 1997. Lulusan kedua program studi Tadris tersebut menyandang gelar Sarjana Agama (S.Ag.).

Dalam perkembangannya Program Studi Tadris Matematika dan IPA (Biologi) di bawah jurusan Tarbiyah berpisah dan berdiri sendiri menjadi jurusan Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam (IPA). Jurusan MIPA ini membuka Program Studi Matematika dan Biologi murni pada tahun 2000. Dengan perubahan ini sarjana program studi Matematika dan Biologi mendapatkan gelar Sarjana Sains (S.Si.) bukan Sarjana Agama (S.Ag.). Disamping itu untuk menjadi guru para mahasiswa program studi ini dapat mengikuti program akta IV sehingga dapat memiliki sertifikat kewenangan mengajar di sekolah dasar dan menengah. Pemisahan program studi Matematika dan Biologi dari jurusan Tarbiyah inilah menjadi tonggak berdirinya Fakultas Sains dan Teknologi.

Pembukaan Fakultas Sains dan Teknologi dimulai dengan disetujuinya pembukaan program-program studi umum pada STAIN Malang oleh Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi (Dirjen Dikti) Departemen Pendidikan Nasional (Depdiknas) yang didasarkan pada Surat Dirjen Dikti Nomor: 3445/D/T/2002 tanggal 20 Nopember 2002 tentang Rekomendasi pembukaan program-program studi umum pada STAIN Malang. Program Studi umum tersebut terdiri dari 4 (empat) jurusan yaitu: Matematika jenjang program Sarjana (S1), Biologi jenjang program Sarjana (S1), Fisika jenjang program Sarjana (S1) dan Kimia jenjang program Sarjana (S1). Kemudian ditindaklanjuti dengan Keputusan Direktur Jenderal Kelembagaan Agama Islam (Dirjen Bagais) tentang penyelenggaraan 4 (empat) program studi di atas pada tanggal 24 April 2003 yaitu: Jurusan Kimia jenjang S1 berdasarkan SK. No.: DJ.II/59/2003; Jurusan Fisika jenjang S1 berdasarkan SK. No.: DJ.II/60/2003; Jurusan Matematika jenjang S1 berdasarkan SK. No.: DJ.II/61/2003 dan Jurusan Biologi jenjang S1 berdasarkan SK. No.: DJ.II/62/2003.
Akhirnya, dengan terbitnya Keputusan Bersama Menteri Pendidikan Nasional dan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor: 1/0/SKB/2004 tanggal 23 Januari 2004 dan ditindaklanjuti dengan Surat Keputusan Presiden No. 50 Tahun 2004 tanggal 21 Juni 2004 tentang Perubahan Institut Agama Islam Negeri Sunan Kalijaga Yogyakarta Menjadi Universitas Islam Negeri Sunan Kalijaga dan Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri Malang Menjadi Universitas Islam Negeri Malang maka terjadi perubahan kelembagaan STAIN Malang secara menyeluruh. Jurusan MIPA berubah menjadi Fakultas Sains dan Teknologi didasarkan pada Surat Dirjen Dikti Nomor: 3536/D/T/2004 tanggal 3 September 2004 tentang Rekomendasi Pembentukan Fakultas di Lingkungan Universitas Islam Negeri Sunan Kalijaga Yogyakarta dan Universitas Islam Negeri Malang yang dikuatkan dengan legalitasnya dengan Keputusan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 389 Tahun 2004 tanggal 3 September 2004 tentang Organisasi dan Tata Kerja Universitas Islam Negeri Malang. Berdasarkan surat keputusan itu jumlah Fakultas di UIN Malang ada 6 (enam), salah satunya adalah Fakultas Sains dan Teknologi. Disamping empat program studi pada jurusan MIPA yang telah dibuka sebelumnya, ada tambahan 2 (dua) jurusan baru, yaitu Teknik Informatika dan Teknik Arsitektur. Ijin pembukaan jurusan atau program studi pada Fakultas Sains dan Teknologi didasarkan pada Keputusan Dirjen Bargais Nomor DJ.II/54/2005 tentang Ijin Penyelenggaraan Program Studi Jenjang S1 pada Universitas Islam Negeri (UIN) Maulana Malik Ibrahim Malang.