تاريخ التأسيس كلية العلوم والتكنولوجيا بدأت جامعة مولانا مالك إبراهيم الإسلامية الحكومية (UIN) مالانج بصدور قرار المدير العام للتطوير المؤسسي الإسلامي بوزارة الشؤون الدينية رقم: KEP/E/57/80 في 3 يوليو 1980م بشأن افتتاح قسم الرياضيات واللغة الإنجليزية في كلية التربية بالمعهد الإسلامي الحكومي (IAIN) سنان أمبل في مالانج. والغرض من افتتاح هذا القسم هو تلبية احتياجات المدرسين في المدرسة التنسوية والمدرسة العليا في مجال الدراسات العامة، وخاصة في مجالي دراسة الرياضيات واللغة الإنجليزية. ومن المتوقع أن يخرّج هذا القسم من قسم التدريس، في مجال التربية الإسلامية من هو مخول بالتدريس في المدرسة التسناوية والمدرسة العالية في مجالي دراسة الرياضيات واللغة الإنجليزية. غير أنه في عام 1989 لم يعد هذان القسمان يقبلان الطلاب الجدد لأن الحاجة إلى مدرسي الرياضيات واللغة الإنجليزية في إدارة الشؤون الدينية (ديباج) في ذلك الوقت كانت تعتبر قد تمت تلبيتها.

في عام 1997، أجرت وزارة الشؤون الدينية تغييرات مؤسسية بتحويل الكليات الفرعية داخل المعهد الإسلامي الإندونيسي في جميع أنحاء إندونيسيا إلى كليات إسلامية حكومية (STAIN) بناءً على المرسوم الرئاسي لجمهورية إندونيسيا رقم 11 المؤرخ 21 مارس 1997. في ذلك الوقت، غيرت كلية التربية مالانج، التي كانت فرعًا من كليات المعهد الإسلامي الإندونيسي سونان أمبل سورابايا، وضعها إلى كلية التربية الإسلامية الحكومية مالانج. إلى جانب هذه التغييرات، أعيد فتح برنامج دراسة الرياضيات والعلوم (علم الأحياء) في قسم التربية في عام 1997 بناءً على قرار وزير الدين رقم 296 بتاريخ 30 يونيو 1997 وقرار المدير العام للتطوير المؤسسي الإسلامي رقم هـ/136/1997م بتاريخ 30 يونيو 1997م. ويحمل خريجو البرنامجين الدراسيين في تادريس شهادة ليسانس أصول الدين.

في تطوره، انفصل برنامج تدريس الرياضيات والعلوم (البيولوجيا) التابع لقسم التربية واستقل بذاته كقسم للرياضيات والعلوم الطبيعية (MIPA). افتتح قسم MIPA هذا برنامج دراسة الرياضيات والعلوم الطبيعية (البيولوجيا) البحتة في عام 2000. وبهذا التغيير، يحصل خريجو برامج دراسة الرياضيات والأحياء على درجة بكالوريوس العلوم بدلاً من بكالوريوس العلوم الطبيعية. بالإضافة إلى ذلك، لكي يصبحوا مدرسين، يمكن لطلاب هذا البرنامج الدراسي المشاركة في برنامج القانون الرابع حتى يتمكنوا من الحصول على شهادة الصلاحية للتدريس في المدارس الابتدائية والثانوية. يعد فصل برنامجي دراسة الرياضيات والأحياء عن قسم التربية علامة فارقة في إنشاء كلية العلوم والتكنولوجيا.

بدأ افتتاح كلية العلوم والتكنولوجيا بالموافقة على افتتاح برامج الدراسة العامة في كلية العلوم والتكنولوجيا في مالانج من قبل المدير العام للتعليم العالي بوزارة التعليم الوطني (المدير العام للتعليم العالي) بناءً على خطاب المدير العام للتعليم العالي رقم: 3445/د/تي/2002 المؤرخ 20 نوفمبر 2002 بشأن التوصيات الخاصة بافتتاح برامج الدراسة العامة في كلية العلوم والتكنولوجيا في مالانج. يتكون برنامج الدراسة العامة من 4 (أربعة) أقسام، وهي: الرياضيات على مستوى برنامج البكالوريوس (S1)، والأحياء على مستوى برنامج البكالوريوس (S1)، والفيزياء على مستوى برنامج البكالوريوس (S1)، والكيمياء على مستوى برنامج البكالوريوس (S1). ثم أعقبها قرار المدير العام للمؤسسات الإسلامية (دارجن باغيس) بشأن تنفيذ البرامج الدراسية الأربعة (الأربعة) المذكورة أعلاه في 24 أبريل 2003، وهي قسم الكيمياء في المستوى S1 بناء على المرسوم رقم: DJ.II/59/2003؛ قسم الفيزياء في المستوى الجامعي الأول بناء على المرسوم رقم: DJ.II/60/2003؛ وقسم الرياضيات في المستوى الجامعي بناء على المرسوم رقم: DJ.II/61/2003: DJ.II/61/2003 وقسم البيولوجيا المستوى الجامعي بناء على المرسوم رقم: DJ.II/62/2003: DJ.II/62/2003.
وأخيرا، بصدور المرسوم المشترك لوزير التعليم الوطني ووزير الدين في جمهورية إندونيسيا رقم: 1/0/SKB/2004 المؤرخ 23 يناير 2004، والذي أعقبه المرسوم الرئاسي رقم 50 لعام 2004 المؤرخ 21 يونيو 2004 بشأن تغيير المعهد الإسلامي الحكومي سونان كاليجاغاغا يوجياكارتا إلى جامعة سونان كاليجاغا الإسلامية الحكومية وكلية مالانج الإسلامية الحكومية إلى جامعة مالانج الإسلامية الحكومية، حدث تغيير مؤسسي شامل في كلية العلوم الإسلامية الحكومية في مالانج. وتحول قسم الرياضيات والعلوم الطبيعية إلى كلية العلوم والتكنولوجيا بناء على رسالة المدير العام للتعليم العالي رقم: 3536/د/د/ت/2004 بتاريخ 3 سبتمبر 2004 بشأن توصيات إنشاء كليات داخل جامعة سونان كاليجاغاغا الإسلامية الحكومية يوجياكارتا وجامعة مالانج الإسلامية الحكومية التي تعززت قانونيتها بمرسوم وزير الدين في جمهورية إندونيسيا رقم 389 لعام 2004 بتاريخ 3 سبتمبر 2004 بشأن تنظيم وإدارة جامعة مالانج الإسلامية الحكومية. وبناءً على هذا المرسوم، هناك 6 (ست) كليات في جامعة مالانج الإسلامية الحكومية، إحداها كلية العلوم والتكنولوجيا. وبالإضافة إلى البرامج الدراسية الأربعة في قسم هندسة المعلوماتية والهندسة المعمارية التي تم افتتاحها سابقًا، هناك قسمان (اثنان) إضافيان جديدان، وهما قسم هندسة المعلوماتية وقسم الهندسة المعمارية. ويستند الإذن بفتح قسم أو برنامج دراسي في كلية العلوم والتكنولوجيا إلى مرسوم المدير العام للبارجيس رقم DJ.II/54/2005 بشأن تصاريح البرامج الدراسية الجامعية في جامعة مولانا مالك إبراهيم الإسلامية الحكومية في مالانج.